Formatear disco duro

Saludos sun2012, mi problema es el siguiente. Tengo una laptop toshiba tecra y hace poco tuve un problema con un virus, al escanearlo con un antivirus el sistema se reiniciaba y el sistema operativo (win xp) se hacia muy lento, llego un momento que al reiniciar de plano ya no cargo el SO, busque la manera de salvar mi información y encontré la manera de utilizar la usb como arranque, esto debido a que mi unidad de cd esta dañada y por ello no puedo reinstalar o hacer algo mediante esta unidad. Aprovechando que reinstalaría winxp instale ubuntu, aquí es donde viene el problema, cuando entro a ubuntu menciona que el disco duro tiene clusters dañados y supongo que sera por ello que al iniciar en winxp es lento el arranque, intente, mediante winxp aplicarle un scandisk a la unidad y me reporta ciertos clusters dañados, al terminar el proceso e iniciar con winxp ya no lo carga y al iniciar con ubuntu me sigue marcando los clusters dañados, el problema es que no se usar ubuntu tanto como para intentar arreglar el disco desde este SO. Mi pregunta es, ¿existe un método para formatear el disco duro y tratar de reparar esos clusters dañados? Esto claro utilizando como medio una memoria usb. Deseo instalar winxp y ubuntu, pero antes pues tener bien el disco duro para ello. Espero puedas ayudarme. De antemano gracias.