Acceso a una base de datos

Buen dia a todos... Mi planteamiento es el siguiente; estoy elaborando una web que va a funcionar como tienda online, pero la empresa ficticia solo atendera los pedidos por medio de la web, para kla busque da de la mercancia tiene que ser en la tienda y ademas atendera en la tienda tambien (es decir, vendera tambien mercacia en mostrador). Con la pagina web y sus respectivas bases de datos (mercancia y clientes) no tengo ningun problema, el inconveniente esta en que la empresa necesita un programa de facturacion, y no es viable que el programa maneje una base de datos y la pagina otra, por lo tanto quisiera que el programa tuviese acceso al servidor donde esta alojada la base de datos o viseversa (de preferencia la primera opcion) pero no tengo ni la mas minuscula idea de como conectar el programa a internet y que este envie la peticion de acceso a la bd y reciba los datos alojados en la misma... Si hay alguien que me pudea ayudar dandome una luz con respecto a esto se lo agradecere. Sirven paginas web de ejemplo, libros que hablen del tema, sitios donde hayan codigos de ejemplo, etc, etc, etc...
Gracias de antemano...