Sistema de archivos NTFS da la lata

Hola ante todo y gracias por tu tiempo.
Un amigo compro un ordenador con dos discos duros sin ningún tipo de licencia de software porque yo me comprometí a ponérselo. El problema es que los discos duros no venían formateados a FAT32 o similar sino que venían en NTFS por lo tanto me es imposible instalar otro sistema operativo que no sea NT XP etc (tu ya sabes) como quiero instalarle 2 sistemas (win98SE y winXPprofesional) me es imposible hacerlo ya que si los discos vienen en NTFS el XP no me deja ni de coña cambiar algunos de los discos a otro sistemas de archivos que no sea este, cosa que como sabes no pasa si vas sobre FAT y ya tienes un sistema win9x instalado.
Hay alguna forma de hacerlo sin tener que conectar los discos a otro PC y formatear desde allí, ya que como tienen este sistema de archivos desde un disco de inicio no me los soporta (o al menos yo no se como hacerlo)
¿Tu qué crees que puedo hacer?
Muchas gracias por tu respuesta.