Instalación de W98SE sobre W98

Tengo un portátil con sistema operativo Windows 98. El caso es que quiero comprarme una tarjeta PC Card con dos puertos USB 2.0 e instalarla en mi ordenador (dispongo de 2 slots de tipo II), pero la pega es que este tipo de tarjetas necesitan de un sistema operativo, al menos, de Windows 98SE. El problema no es ese, ya que dispongo de un CD con dicho sistema operativo, sino que me han dicho que al no ser una actualización el sistema actual (W98), no deja instalarlo encima de él, y habría que borrar el fichero win.com en tal caso.
Tengo dudas si esto además (la instalación del nuevo sistema operativo), modificará la actual conexión a internet que tengo, afectará a un certificado que también tengo (FNMT España) o alguno de los programas que poseo actualmente.
Le agradecería me contestase a la mayor brevedad posible.