Ayuda con permutacion de arreglos

primeramente necesito crear un arreglo que contenga varios cursos o materias; y dentro de cada curso o materia existe varias secciones y a la ves cada sección es un arreglo unidimensional de tipo int.

ahora la esencia del problema es permutar cada sección de cada curso con las otras secciones de cada uno de los otros cursos y mostrar las respectivas permutaciones en forma de arreglos.

ejemplo.

arreglo curso[2]={matemática,física}

y cada curso también es un arreglo

matemática[2]={seccionMA, seccionMB}

física[2]={seccionFA, seccionFB}

y cada sección es un arreglo unidimensional;

seccionMA[2]={5,6}

seccionMB[2]={3,2}

seccionFA[2]={1,6}

seccionFB[2]={7,9}

Ahora la cosa es permutar seccionMA[2] con seccionFA[2] y luego con seccionFB[2]

y después permutar seccionMB[2] con seccionFA[2] y luego con seccionFB[2]

y mostrar la permutaciones en los dos arreglos permutados correspondientes.