Mantenimiento mecánica industrial

Con respecto a la primera pregunta te presento el siguiente procedimiento. Debes saber que supongo que es un equipo grande con un eje de diámetro mayor a 3 pulg. Y con acoples de brida.
1- La maquina debe estar desacoplada y primeramente uno de los equipos debe ser presentado, según la logística del proyecto o simplemente por comodidad. Es decir, por ejemplo, siempre existe una caracterisitica de la cul se puede tomar ventaja, como una tubería que sabemos que esta alineada o la fabricación del mismo bastidor del equipo.
2- El equipo que se decida primero instalar debe ser apoyado con pernos de alta resistencia pasantes (uno en cada pata o varios o puedes jugar con el diámetro del mismo dependiendo del peso del equipo)
3- Una vez realizado esto se procede a nivelar el equipo con instrumentos tradicionales: niveladores, masas colgantes o lainas de espesor) ajustando o desajustando los pernos. Ya nivelado este. Se instalan pernos de alta resistencia horizontalmente en las patas con sus respectivas tuercas soldadas al bastidor, de manera que enroscando o desenroscando cada perno se pueda desplazar la maquina a la posición deseada en proceso de alineación. Aplicados estos pasos, tienes dos opciones: una si puedes garantizar que este equipo primeramente presentado se encuentra en este punto perfectamente alineado podrás fijarlo al bastidor correcctamente y con torque. Otra opción es dejar este libre y apoyado sobre los pernos en la posición nivelada.
4-Una vez completados los pasos anteriores, presentas el otro equipo (motor o bomba) en el emplazamiento programado de manera que los acoples se enfrenten cara con cara a cierta distancia que permita colocar un reloj comparador o si es muy pequeña la luz, el paso de lainas de espesor. Igualmente este equipo deberá estar apoyado sobre pernos de alta resistencia en cada pata y pernos de alta resistencia horizontalmente como lo explique antes, para poder mover la maquina en el proceso de alineación.
5-Rotando los acoples procedes a alinear los equipos mediante los acoples girando los mismos y comprobando con relojes comparadores hasta eliminar las décimas de mm fuera de alineación y logrando uniformidad de separación. Para mover los equipos aprietas o aflojas los pernos instalados.
6- Una vez realizado lo anterior, se acoplan los equipos. Se perfora el bastidor, se colocan los amortiguadores y el conjunto es fijado.
Debes recordar que es un procedimiento muy delicado que debe garantizar las tolerancias impuestas por el fabricantes. Existen equipos avanzados que ayudan mucho a realizar este trabajo e inclusive empresas que se dedica exclusivamente a realizar este trabajo. Un método muy bueno es la alineación mediante lasers que se base en el mismo procedimiento expuesto.
Con respecto a la segunda pregunta:
Puedes rectificar la superficie usando un proceso de pulido o cepillado dependiendo del acabado requerido, donde desbastes el material hasta igualar con la ralla. Cuidado!, antes debes tomar en cuenta las tolerancias dimensionales y especificación de acabado superficiel requerido por el fabricante de la pieza para su correcto funcionamiento.