Recuperar piernas

Te recomiendo una planificación de la temporada que vaya de menos a más desde febrero a principios de verano, el verano a tope y el último mes o dos meses hasta octubre lo contrario que al principio, es decir, de más a menos, reduciendo el kilometraje y la dureza así como el ritmo.
Es importantísimo estirar los músculos, todos, durante unos 30 segundos cada uno, al llegar a casa. Por otra parte te recomiendo que los primeros kilómetros de cada salida, o referenciado en tiempo, los hagas de calentamiento así como los últimos del recorrido te los tomes con tranquilidad, lo que se denomina vuelta a la calma.

Yo creo que antes de consumir proteínas adicionales, deberías consultarlo con un medico deportivo que te valorara la alimentaqción y así poder ayudarte con este tipo de complementos.
Por lo que respecta a la recuperación, parece que tus salidas han sido más duras de lo que deberían.
Debes plantearte hasta donde quieres llegar, y en base a ello deberás tener un plan de crecimiento deportivo paulatino que te permita ir incrementando el ritmo hasta obtener la forma física que pretendes.
Prueba haciendo un par de salidas intersemanales de poca duración. Te aconsejo para ello un recorrido donde tengas la posibilidad de alternar subida con llano, siendo la relación de 1 a 3. 1 de subida i tres de llano. Da igual si lo tomas en tiempo o bien en distancia. Con esta práctica ganaras potencia.
Durante el fin de semana, te recomiendo hacer una salida de larga duración a ritmo, entre 65 y 80 pedaladas por minuto. Esta salida, también ha de crecer en distancia y en dureza de manera constante - sin pasarse -. Con esta práctica ganaras en fondo.
Si puedes sal en grupo, siempre tendrás la posibilidad de medir tus progresos con tus compañeros.
Disculpa el retraso en la respuesta.
Nos vemos en cualquier camino...