Aunque me faltan datos intentaré aconsejarte.
Ahora ya no existen frenos normales, hay cantilever (los más antiguos), Loc V (los que vienen ahora en todas las bicis de montaña y son unas palancas más largas) y los de disco que llevan un disco en la rueda.
Por el problema de descentramiento supongo que llevaras frenos V, ya que estos llevan muy cerca la zapata a la llanta y cuando la rueda se descentra estos tocan con las zapatas en la llanta. Lo primero para minimizar esto es intentar ajustar los frenos tirando a blando para que las zapatas estén un poco más alejadas de la llanta y así evitar su desajuste.
Lo segundo es cambiar de mecánico, las ruedas se descentran pero por lo que tu cuentas es que tus ruedas están mal centradas (radios o muy flojos o muy fuertes o un aparaguamiento incorrecto) y entonces en cuanto pillas dos baches se te descentran lo cual es contradictorio con lo que usas la bici para transporte, en Madrid tienes multitud de tiendas, en concreto creo que tiendas como bicimania, mamoth, Caracol tienen buenos mecánicos.
Yo solo vuelvo a centrar las ruedas una vez al año y es casi más por mantenimiento que por problemas y eso que suelo buscar lugares llenos de piedras y baches.
El tercer paso es elegir unas zapatas que frenen como dios manda, Cambia a unas de la marca Kool stop (las negras), frenan y duran mucho, y bien ajustadas te pueden hacer volar por los aires de lo mucho que frenan.
Por ultimo conviene que aprendas tu a ajustar los frenos, lleva 5 minutos y solo requiere un destornillador si las zapatas están paralelas a la llanta; con el tornillo que esta a cada lado del freno si lo aprietas tensas el muelle de ese lado y acercas la zapata en ese lado a la llanta, si lo aflojas lo contrario.
De todas maneras y si no lo tienes claro dime marca y modelo de ruedas( sobre todo llantas) y frenos y te aconsejaré en más detalle.
En la página
http://www.ciclosmaestre.com/mecanica.asp tienes un pequeño manual de mecánica y en uno de sus capítulos tienes como ajustar frenos y como ajustar ruedas.
Con unas ruedas bien ajustadas(quizá tengan que cambiar algún radio o la llanta porque este con abollones) y los frenos V con zapatas Koolstop tendrás una bici con unos frenos más que suficientes para al menos un par de años sin tocarlos si solo usas la bici como medio de transporte.