Tal y como lo veo yo haría el asiento: (61x)Variación de existencias de mercaderías, materias primas... A (3xx)Mercaderías Ojo, si se trata de una pérdida debida a causas extraordinarias del tipo inundación, incendio, ... o incluso si se trata de una pérdida fuera de lo habitual en su cuantía(normalmente las empresas siempre cuentan con unas ciertas pérdidas de mercancía a lo largo del año) la puedes llevar a la 678, y pienso que puede ser incluso más acertado ya que mostrará que el resultado de tu empresa se ha visto castigado por una pérdida extraordinaria no habitual que de cara a cualquier entidad de crédito siempre se ve con mejores ojos y de cara a la propia empresa a no llevar a equívocos ej: No es lo mismo que tu empresa cuente con una merma en existencias del 5% achacable al propio proceso productivo lo cual supone que el año que viene estarás en las mismas condiciones salvo que se haga algo para remediarlo, que ver que tu empresa ha tenido una pérdida del 5% en existencias debido a que al encargado del almacén le cayó un rayo en el momento que manipulaba la carretilla transportadora lo cual le hizo estrellarse contra las estanterías y destruir el 5 % de las mismas, el ejemplo es exagerado pero muestra dos resultados iguales, pero dos soluciones diferentes.