Si una sociedad civil está en estimación directa normal, ¿Ha de registrar los libros contables?

Se trata de una sociedad civil en estimación directa normal, por lo que ha de llevar los libros según el impuesto de sociedades. Al ir a registrarlos al Registro Mercantil me han dicho que no los pueden registrar por ser una sociedad civil. Entonces ¿no se registran los libros?