Nomina Autónomo Seguridad Social

Hola . Somos una pequeña empresa, una S.L., y mi mujer nos lleva la contabilidad y un gestor nos hace las nóminas. Mi pregunta es, ¿Como contabilizo el pago del autónomo mio y de mi socio? La seguridad social cobra las cuotas de la cuenta del banco a nombre de la empresa, y luego en la nomina el gestor nos las deduce. Mi mujer no sabe que cuentas son las que tiene que poner .¿Podéis ayudarnos? Estamos empezando y no podemos tener más gastos de un contable. Os lo agradezco.

Raul.