Factura con IVA 6%?

Buenos días,
Mi duda es la siguiente:
He recibido una factura de una agencia de viajes, donde el IVA es el 6%. Está desglosado.
Cómo contabilizo esta factura? Tengo que crear cuenta de IVA del 6% o lo contabilizo sólo el total, sin IVA?
Gracias.