Duplicada la factura de venta

Hola, mi pregunta es la siguiente, resulta que revisando la contabilidad he visto que hay dos facturas emitidas de venta con la misma numeración y a clientes distintos y por cantidades distintas, en mi contabilidad solo tengo una contabilizada, la otra me di cuenta cuando hicieron el pago en el banco, ¿que hago con la factura que no tengo contabilizada? Y en referencia a hacienda ¿como tengo que hacer para que no tenga luego problemas?. El iva lo hago mensual.
Un saludo y muchas gracias.