Pago factura con aportaciones a epsv

Buenas tardes, me he encontrado con la situación de que un autónomo (médico) ahora que viene el fin de año, desea que la sociedad de la que es socio mayoritario (90%Capital), le pague parte de sus servicios con una aportación a sus epsv individuales. Cómo sería la factura a realizar de estos servicios, ¿junto con los que se les ingresa dinerariamente en especie de cara al IRPF?