Autónomo de baja irpf

Hola, mi mujer es autónomo y esta de baja por infarto/otras dolencias desde 2008 y ya el año pasado cuando tuvimos que hacer la daclaracion de la renta pago más de 1000 euros pues la pagaba la mutua y firmaba la nomina ( que ella es la dueña ) lo gracioso del tema es que nuestro gestor dice que eso es así, en hacienda suman lo que supuestamente cobra de nomina más lo que le ingresa la mutua y según eso cobra al año unos 12.000 euros cuando la empresa no tiene ingresos y ella solo cobra unos 600 al mes osea 6000 al año.