Agrupacion,division horizontal y extincion de condomin

Hace años compramos entre 4 personas pro indiviso un inmueble de varias plantas y un terreno adyacente.
Ahora hemos decidido realizar la agrupación y la separación horizontal. Pero dos personas se quedan con el 40% de la propiedad y las otras dos con el 60% restante mediante compensación económica.
Una vez firmadas las escrituras ante notario donde constan las distintas cuotas de participación, pasamos a liquidar ante hacienda y observo que pagamos las mismas cantidades aun cuando tenemos distintas cuotas de participación.
La respuesta que me dan es que no hemos hecho la extinción de condominio y por eso
pagamos cada uno en razón del 25%.
¿Es correcto el proceder del notario al no realizar la extinción de condominio?
¿Qué consecuencias fiscales o de otro tipo conlleva no haber hecho la extinción de condominio?
Gracias por la atención

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