IVA en tratamientos médicos

Hola;
vamos a abrir una consulta podologica;sabemos que los tratamientos médicos no llevan IVA, pero si por ejemplo a un paciente le hacemos un tratamiento que incluyen unas plantillas y estas mi proveedor me las vende con IVA;¿Tendré qué hacer una factura o dos facturas con dos conceptos separados uno sin IVA lo que es el diagnstico y exploración y otra con IVA que son las plantillas?
Por otra parte si la mayoría de mis facturas emitidas son sin IVA podre deducirme el IVA de mis gastos... ¿cómo material medico que si que lo lleva?
Saludos y gracias