Consulta sobre pagos en cuenta y orden (impuestos)

Hola suponiendo que quiero armar un empresa de cobros por internet, donde un comerciante puede vender a un cliente con tarjeta de crédito y el monto se la venta se acredita en una cuenta virtual del comerciante, restando las comisiones. (pagos por cuenta y orden de terceros).

Mi pregunta era sobre que impuestos se pagan y quien los paga? IVA? Yo como agencia recaudadora facturo el total de la venta o solo los intereses que le cobro al comerciante?