Se puede hacer una complementaria para factura que no se presentaron en el año anterior

Hola, haber si alguien me aconseja que hacer. En el borrador de este 2012 hacienda me pide el IVA de varias facturas que no declare en el 2011. Tuve problemas con el ordenador y muchas y se me borraron, son facturas que llevaban el 8% de IVA pero que también tenían el 15% de IRPF, que sería sino todo una parte a mi favor, porque con la crisis no había llegado y me salía a devolver. La gestoría que me lleva el tema me dice que le tengo que pagar a hacienda 585€ en IVA(de 4 facturas), y que me van ha sancionar y también que tendré que pagar los interesas de demora, etc. Que haría un cuarto trimestre y el anual para meter lo que se debe. Yo había oído y leído a expertos que para facturas. Pagos de perceptores que estén pendiente d declarar o que se hayan quedado atrás, se puede hacer una declaración complementaria y que de esta manera no me sancionarían. Otra duda que tengo es que cuando se pague el IVA mencionado, hacienda me devolvería lo que corresponda de IRPF, o se quedan con él. ¿Que ocurriría? Podría solicitar una "devolución por ingresos indebidos" ? Un saludo y gracias por adelantado. José