Ser empleado y acreedor a la vez

Buenas tardes: mi cuestión es la siguiente: un empleado, en este caso economista, podría además de cobrar la nómina mensual de la empresa, facturar a esa misma empresa por servicios prestados de realización, por ejemplo, de algún proyecto puntual.
¿Sería necesario que primero estuviera dado de alta como sujeto pasivo de IVA?
Si pudiera emitir la factura, ¿debería llevar retención e IVA?
Y por último, en la declaración de renta, ¿cómo se declararían esos ingresos?
Muchas gracias.