Adiestrar conejo

Que sea o no un conejo enano, no tiene nada que ver con su carácter.
Lo más probable, es que tu conejo este así por culpa del celo (supongo que no esta castrado).
¿Lo has llevado al veterinario de exóticos para hacerle revisiones?
Esto es un punto muy importante, ya que los conejos enferman con muchísima facilidad.
Ademas no esta de más que te indique si es fijo un macho, o por lo contrario es una hembra, porque por lo que describes, esos síntomas de territorialidad y agresividad son más propios de las hembras en celo, que no de los machos.
El celo en los conejos (tanto machos como hembras) es permanente, eso quiere decir que no tienen épocas como por ejemplo los perros.
Por tanto, por el bienestar de ambos, yo te recomiendo que lo castres, tanto para tu tranquilidad, como para la del conejito.
Sobre todo si es hembra, por su salud, porque estas tienen un 80% de probabilidades de contraer cáncer de útero si no se las esteriliza antes de los 2 años de edad.
Respecto a lo de coger al conejo, normalmente no les gusta nada, por tanto intenta evitar alzarlo del suelo para que no se ponga más nervioso.
Ademas al cogerlo, si patalea, hay que tener muchísimo cuidado, porque sus patas traseras son muy fuertes (es la parte más fuerte de todo su cuerpo), y si da alguna "mala" patada puede llegar a tener lesiones graves en la columna.
Te animo a que te pases por la web de www.anacweb.com donde podrás encontrar muchísimos artículos, y muy completos, sobre las necesidades y cuidados de los conejos, que seguro te ayudaran a comprenderlo mejor y a resolver todas las dudas que tengas :D