¿Es normal que una hembra que acaba de parir ataque a sus crías a las tres semanas de vida?

Es bastante normal que una madre "devore" a sus crías nada más nacer si se siente amenazada como manera de protegerlas, pero si estas crías ya tienen 3 semanas no es demasiado normal, puede que al ser ya casi adultas la madre las rechace y que se sienta molestada.
Prueba intentando dejarla lo más tranquila posible por si acaso es eso, pero siempre vigilando por si hey que separarles. Si ves que aun así la hembra rechaza a sus crías es que ha llegado la hora de separarles y tendrás que buscas una nueva jaula para los pequeños.
Se me olvidó decirte que puede que en lugar de pelearse la madre este apartando a las crías, para que estas dejen ya de mamar y así sean totalmente independientes, es una manera un poco drástica de hacer que las crías maduren. En todo caso no es nada malo, sin parte de la naturaleza de los hamsters que son animales solitarios.
Así que espera un tiempo y si siguen igual tendrás que buscarles una nueva "casita".