Inapetencia sexual

No me dices que marca de pastillas es la que está tomando tu novia, y eso es importante, porque hay distintas marcas, con distintas concentraciones y combinaciones de hormonas, en cualquier caso, voy a intentar responderte de forma ordenada.
Con respecto a la primera parte de tu pregunta, es verdad, que el estrés, los problemas, las preocupaciones, depresiones... influyen mucho sobre el deseo sexual, no debemos nunca olvidar la gran influencia psicológica que existe en todo lo relacionado con el sexo, también podría ser debido a desequilibrios hormonales, aunque al estar tomando la píldora no es posible saber cuales son sus niveles hormonales, propios, ya que su propia producción de hormonas está inhibida.
Lo que sí es bastante posible, es que estos efectos de disminución del deseo sexual estén relacionados con la toma de la píldora, ya que en muchas mujeres se pueden producir efectos secundarios, como disminución de la libido, dolores de cabeza, depresiones... en este sentido lo mejor será que hable con el ginecólogo y le pida que le recete otro producto, ya que como te dije antes, hay diferentes preparados hormonales y son todos píldoras anticonceptivas.
En cuanto a la última parte de tu pregunta, las relaciones coitales usando la píldora son muy seguras. El pequeño porcentaje de fallos se debe generalmente a problemas añadidos (como vómitos o diarreas, que dificultan o impiden la absorción correcta del preparado, cuando se asocia con algunos medicamentos, como los antibióticos, o cuando se olvida). Así que teniendo cuidado, y estando bien informados, no tiene porqué tocaros ese dos por ciento, ya que los porcentajes de seguridad de los métodos que se publican suelen indicar el porcentaje de fallos globales, es decir se contabilizan todos los fallos que se producen incluso utilizando el método mal o incorrectamente.