Archivo de documentos contables

Llevo la contabilidad de una empresa constructora. Hasta ahora archivaba los documentos contables por el número de asiento. Pero no es muy operativo este sistema. Si quiero buscar todas las facturas emitidas, por ejemplo, tengo que sacar un extracto contable y buscar asiento por asiento. Si las tuviera ordenadas en un archivador de Facturas Emitidas, no me haría falta buscarlas. He pensado archivar los documentos según un número y una referencia: FE-0001 sería el documento 1 de las Facturas Emitidas. El número a asignar lo iría aumentando según fuesen entrando los documentos a la oficina. He pensado en los siguientes apartados: Facturas Emitidas, Facturas Recibidas, Otros Gastos,... El problema que se me plantea es cómo llevar otro tipo de documentos que no parecen encajar en ninguna categoría o que podrían estar en dos categorías al mismo tiempo. Quisiera que alguien, desde su experiencia, me dijera la mejor forma de llevar el archivo de todos los documentos contables.