Clasificación de Libros Caseros

Te adelanto que esta respuesta no es sencilla, intentaré hacerlo lo más simple y adecuado a tu caso que pueda. Por tu pregunta, entiendo que lo que necesitas es ordenar físicamente esos libros, no catalogarlos (como catálogo de tu colección te serviría el listado de excel que me comentas, ¿verdad?). Bueno, pues supongo que lo más útil en tu caso sería ordenarlos por materias, porque es seguramente el criterio que más vas a usar para buscarlos: buscarás a ver qué libros tienes sobre tal o cual materia. Para clasificar los libros por materias, en las bibliotecas se usan "Clasificaciones" normalizadas, en las que a cada materia se le asigna un número: es decir, cada libro, según la materia de la que se trate, llevará un número de la clasificación (son los números que ves en las bibliotecas en el lomo de los libros, en una etiqueta que se llama tejuelo), y luego según esos números se ordenan físicamente en las estanterías. Hay varias clasificaciones que se pueden usar, aquí en España usamos la CDU (clasificación decimal universal), pero las ediciones impresas son bastante caras. Puedes usar la Clasificación Decimal de Dewey, muy parecida, que puedes encontrar en la red, resumida, en esta dirección y en otras:
http://www.auxam.fr/auxam/es/pageinfo/infdewey.htm
Es un sistema decimal, con diez categorías principales a las que se van añadiendo números según se quiera ser más específico en la temática: en tu caso te recomiendo que uses tan sólo tres números para cada libro (en el caso de libros de literatura quizá debas usar más). A estos tres números le añades tres letras en mayúsculas, las tres primeras letras del apellido del autor, y otras tres en minúscula: las tres primeras letras del titulo del libro (sin tener en cuenta artículos). Así, por ejemplo, un libro de filosofía de Kant, la "Crítica de la razón pura", quedaría con esta signatura (los números o letras que usamos para ordenar los libros en las bibliotecas se llaman signatura):
100
KAN
Cri
Esto lo escribirías a lápiz en la hoja de guarda del libro por ejemplo, y según esto se ordenaría en tus estanterías: dentro del número 1, luego dentro del 10 y luego dentro del 100 (porque se ordenan decimalmente, como si todos los restantes números fueran decimales del primero), y entre todos los libros de filosofía con el mismo número (el 100) se ordenaría alfabéticamente por las tres letras del apellido (KAN) y entre los libros de filosofía de Kant se ordenaría alfabéticamente por las tres primeras letras del titulo (cri).
Te recomiendo también que añadas esta signatura al listado de excel que vas a hacer para localizar los libros más fácilmente. Además así podrías imprimirte un listado ordenado por autor y otro ordenado por signatura para poder consultar de los dos modos: por autor y por materia.
Me figuro que pueden presentársete dudas con respecto a esta respuesta, puedes pedirme aclaraciones si lo deseas.

Estimado IULIUS
¿En México que clasificación es la que se considera estándar?

Por lo que he podido ver en internet, en México las clasificaciones más usadas son la de la Biblioteca del Congreso (la usan sobre todo las bibliotecas universitarias mexicanas) y la Clasificación decimal de Dewey (la usan sobre todo las bibliotecas públicas).
En esta dirección tienes información sobre la Clasificación de la Biblioteca del Congreso: http://www.uv.mx/usbi_xal/servicios/s_formacion/lc/lc.html
Yo personalmente para tus propósitos, para organizar una colección no demasiado grande, te recomiendo la de Dewey, que es la que te describía en mi anterior respuesta.
Espero haberte sido de ayuda, y si necesitas más aclaraciones puedes pedírmelas.