Registro Empresa y sub empresas?¿

El ejemplo que pones no es bueno porque una misma empresa puede tener varios nombres comerciales de productos (por ejemplo Coca-Cola y Fanta, la empresa es la misma y los nombres hacen referencia a dos productos de la misma empresa).
"Registrar con todas las legalidades posibles" no significa nada, si lo que quieres decir es que quieres registrar legalmente la sociedad uno puedes hacerlo, sólo tienes que seguir las normas correspondientes en cuanto a creación de empresas, registro de empresas y posterior praxis de la actividad mercantil.
Según se sobre-entiende, al indicar que la primera lleva "todas las legalidades posibles", esta quieres crearla con las "menos legalidades posibles", es decir, ¿no quieres legalizarla?
Así mismo, deberás indicar para que necesitas esas dos empresas si desde la misma puedes comercializar dos productos sin problemas, es más, una empresa, si su objeto social es amplio puede dedicarse a más de un sector de actividad, basta con darse de alta desde la mercantil en cuantos epígrafes del IAE sea necesario. Eso no conlleva costes ya que el alta en el IAE no supone pagos hasta que se alcanzan los 2.000.000 de euros de negocio.
Espero que tu pregunta quede resuelta.
Un saludo
Jaime Feiner
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Hola Jaime, gracias por tu rápida respuesta.
Lo que entiendo por tu respuesta es que no es necesario registrar las dos empresas, únicamente registrar una y la otra registrar el nombre como producto de la primera, ¿es así?
La aclaración seria que quiero que la Empresa 1 quede registrada legalmente, pagando todos los costes, etc. La empresa 2 en verdad seria como un subproducto de la 1. Lo que no sabía es si tenía que registrar también la 2 como empresa aparte o si se podía registrar el nombre como producto de la 1.
Perdona si te hago un lio, es que no consigo expresarlo de forma coherente por aquí.
Muchas gracias de antemano.

No es exactamente eso.
Cada sociedad como entidad jurídica independiente no puede ser más o menos legal, debe ser legal o ilegal, no puede ser una más que la otra. Así pues, no puedes establecer una empresa dentro de la otra como pretendes, cuando existen empresas asociadas o del mismo grupo todas tienen identidad propia y actúan como entidades independientes que comparten determinados aspectos de inmovilizado o cualesquiera otras posibilidades.
No hay necesidad de generar dos empresas, con una única empresa puedes desarrollar diferentes marcas, es decir, imagínate que eres una empresa de zapatillas, y creas una linea a la que llamas NIKE y otra linea a la que llamas ADIDAS, serían zapatillas distintas, que tendrían símbolos y marcas comerciales distintas pero en realidad la matriz, la sociedad explotadora sería la misma, por ejemplo Zapatillería Universal SL, por decir algo.