¿Asalariado y autónomo?

En relación a tu consulta, te puedo decir que si es posible simultanear el trabajar por cuenta ajena y por cuenta propia a la vez, siempre que no haya un pacto con la empresa para la que trabajas de exclusividad. Espero que no hayas dedicado parte del tiempo que trabajas por cuenta ajena a la elaboración de ese programa, ya que si puede demostrar la empresa que has dedicado parte de tu jornada a otros menesteres, puede sancionarte.
Por otro lado y en lo que hace referencia al programa propio, si lo has hecho con recursos propios y sin copiar estruturas que utilizas en la empresa para la que trabajas por cuenta ajena, no hay problema, de lo contrario podrías incurrir en un delito informático. Por ello, te recomiendo te pongas en manos de expertos en delitos informáticos (por ej. http://www.delitosinformaticos.com/propiedadindustrial/). Si es propio te convendrá patentarlo para que no te lo copien y lo rentabilicen otras personas ajenas a ti, su creador.
Bueno, esperando haberte orientado un poco, recibe un cordial saludo. Ten cuidado y asegurate.
Francisco García.
Tfono. 669.793.861