PAgo del IVa

Buenos días, me he construido una casa y he pagado mensualmente por medio de transferencias al constructor según el presupuesto que me emitió. Por otro lado el me ha enviado facturas correspondientes a sus trabajos. En el balance de deudas de final de obra me pide que le pague el iva de las facturas que me ha enviado. ¿NO se si estoy en lo cierto pero el habrá recibido facturas a su nombre de las que descontará el IVa. Es legal lo que me pide?