Nomina o factura de un administrador

Hola buenos días:

Intentaré ser breve: Una empresa que se dedica a la instalación de Aire acondicionado, reformas, etc... El socio mayoritario (más del 80%) trabaja para la misma siendo director gerente. El cargo de Administrador según estatutos es gratuito. Él está dado de alta como autónomo. Mi duda es la siguiente: Sus retribuciones cómo deben ser ? Vía nómina (creo que, entonces, ésta no sería deducible en IS) o mediante facturas del socio a la sociedad? En este último caso, entiendo que llevaría IVA y retención del 42% ¿me equivoco?

Espero haber dado todos los datos.

Muchas gracias por adelantado.

Un cordial saludo,