Autónomo it baja

Somos una S.L.L desde el año 2009, en el 2010 2 socias trabajadora y un tercero. En el año 2010 la socia trabajadora desaparece, se marcha sin decir mas , eramos administradoras solidarias. Yo continuo con la empresa pero en marzo de 2011 sufro una operación y quedo de baja ese mismo año me llega un cese de ella como administrador, ya que aunque queríamos que dejase de serlo no la localizamos. La cuestión es que yo en principio metí una persona, pero dado mi empeoramiento de salud, tuve que cerrar el negocio y dejar la empresa como inactiva puesto que nos habían dado subvenciones hasta 5 años. Sigo de baja por otra operación y se va prolongar bastante, dado que la empresa esta inactiva podría darme de baja de autónomos y seguir cobrando la it de la mutua? Y una vez dada de alto volver a ser autónomo? Me traería alguna consecuencia de cara a una posible invalidez para el trabajo que es una posibilidad que ya barajo la mutua? Gracias.