Manchas cafe pero no estoy embarazada!

Hola mi amiga esta muy preocupada ella hace casi 2 a~os esta tomando pastillas anticoncepitivas y hace 2 meses una semana antes de su periodo empezo a manchar unas manchas cafe pero poca cosa y estuvo asi hasta que le llego el periodo; lo dejo asi y no le presto importancia. Al proximo mes le llego el periodo y sin ninguna mancha antes pues ok perfecto nos dejamos de preocupar pero ahora en este mes le sucedio lo mismo una semana antes de su periodo le comenzaron las manchas cafe y ella preocupada se hizo una prueba de embarazo y salio negativa. Que puede ser???? Seran las pastillas que ya no le estan haciendo efecto, porque hace casi 2 anos que se las esta bebiendo y nunk habia tenido problemas. Please ayudenme Gracias