Sangre oscura y pastillas anticonceptivas

Hola, desde mi ultimo periodo del día 24 de diciembre 2013, comencé a tomar pastillas anticonceptivas por el hecho de que tenia muchos dolores de ovarios y bajaba mucha cantidad y aveces me sucedía que no era muy regular, ahora bien, el tema es que desde el 1 o 2 de enero 2014 (no recuerdo exacto) comenzó a bajarme un poquito de sangre, pero era sangre oscura, y era poquito, en el medio tuve relaciones con mi novio el día 5 de enero, y ahí comenzó a bajar un poco mas ya no eran gotitas, hoy 13 me baja pero es mas oscura y vale aclarar que de a ratos me duelen los ovarios, hoy 13 tomo la ultima pastilla de la primera caja, quería saber si es normal, también quiero aclarar que mi ultimo periodo se atraso y vino el día 39 no el 35 o 28 como es costumbre, también influye eso?, consulte con una prima y me dijo que cuando comenzó a tomar pastillas le paso que también le bajo sangre pero era por las hormonas y ya luego de dos meses estaba todo normal se regularizo completamente..... Que puede ser lo que me suceda???, no se si quedo muy bien explicada mi pregunta desde ya gracias!!!!!