Dolores generalizados

Yo no soy médico así que no puedo orientarte en cuanto a la parte infecciosa.
Pero lo que si puedo es orientarte en cuanto a la parte psicológica y contarte, que es tan sabio nuestro inconsciente que a veces nos muestra que tenemos cosas que no hemos logrado manejar, pero no siempre le hacemos caso, y lo ignoramos, entonces no le queda otro remedio que el de recurrir a nuestro cuerpo y utilizarlo para expresar en él todas las tensiones que tienes.
Así que en eso coincido con tu doctora que en la medida que te relajes estarás mejor, pero para llegar a la relajación deberás trabajar o como quien dice resolver las cosas que te causan tensión, y estrés.
Solo en esa medida podrás superarlas y entonces no necesitarás emplear tu cuerpo como blanco de todo ese estrés.
A veces para trabajar este tipo de tensiones necesitamos de alguien que nos dé una mano y nos ayude con ello
Si deseas una yuda profesional para superar todo esto que te produce el estrés te cuento que

Aranjuez 2005
Es normal que después de una época de tensión sufras contracturas a nivel cervical, cintura escapular incluso puede ser que te haya dolido la mandíbula, hay que tener en cuenta que una vez pasada esa época de tensión y la musculatura se relaje un poco sufras dolores como parecidos a las agujetas e incluso haya algún día que parezca que te "hayan dado una paliza" porque el músculo ha estado estresado durante un tiempo prolongado cosa que no había estado acostumbrado. Así que tranquilo que los síntomas son perfectamente normales. Los músculos que sufren más por el estrés son: trapecio superior, multifidos del cuello, escalenos, esplenios, esternocleidomastoideo, suboccipitales, escalenos y quizás el masetero de la mandíbula.
En cuanto a la ETS quizás no soy el más indicado para contestarte, pero te aseguro que no hay ninguna que de estos síntomas, además los ganglios linfáticos no duelen, te aconsejo que vayas al urólogo para salir de dudas.
Te aconsejo que te des el lujo después de esta mala racha de darte un masaje relajante e incluso alguna terapia miofascial para acabar de relajar estos músculos cervicales que han estado estresados durante este tiempo, y mejoraras notablemente.
También te ayudaría tomar algún baño (no ducha) bien caliente para favorecer la vasodilatación de la musculatura y favorecer la relajación de la misma.

Los síntomas que refieres pueden explicarse por la tensión y por la preocupación al respecto, y con respecto al otro tema.
La medicina no se mueve por certezas absolutas, sino por certezas razonables. Ni siquiera a alguien sin síntoma alguno, la medicina le puede descartar, con absoluta certeza, que no tenga nada (y si alguien lo pretendiera esto sería irrazonable, es decir, los perjuicios siempre serían mayores que el posible beneficio).
No veo motivos para pensar en algo más de lo que te ha dicho tu médico; incluso para mi gusto sobraría el Gelocatil. Las ETS son muy variadas, no son de mi especialidad, pero lo que cuentas no me sugiere nada de esto. Los síntomas que cuentas son totalmente inespecíficos y se explican por la tensión y preocupación.
Lo que veo más importante es aprender de la situación del trabajo que dio lugar a la tensión y de la relación de riesgo. Te diré que cualquier relación íntima fuera de un matrimonio válido es de riesgo tanto física como emocionalmente; te expone a cometer muchas equivocaciones y te expone a riesgo físico, y con ello dejas de crecer como auténtica persona, guiada por el bien, por encima de tus intereses. Si te dejas llevar simplemente por lo que te apetece, ya no estás libre para amar, para hacer el bien. Yo te diría que enfoques cualquier posible amistad desde la generosidad, dentro de un enfoque de vida también generoso de pensar en hacer todo el bien que puedas, lo cual también ordenará el trabajo y demás. En este sentido te dejo abajo unos folios sobre actitudes saludables.
Con respecto a la situación familiar que refieres te diría lo siguiente; a la hora de afrontar un problema hay que tener en cuenta estos dos factores: que siempre la conducta externa sea la más correcta que uno pueda, y, en segundo lugar, con buena intención real (es decir, buscando que sean buenas personas) hacia todos los intervinientes, por encima de tus intereses. Sólo el bien de verdad mejora las cosas, así es que no tengas prisa en que las cosas cambien sólo aparentemente. No pierdas de vista el objetivo; yo en principio te recomendaría que te abstengas de recriminaciones y demás, sino que puedes lograr más resultados ayudando a las personas en positivo, y para eso es necesario que el enfoque de tu vida mejore.
Aparte del blog te recomiendo alguna película de convicciontv.cl/peliculas, y algún libro de algún santo.

Pues que quieres que yo te diga por aquí. Efectivamente la causa puede ser cualquiera de las que has mencionado, aunque si tu doctora te ha dicho que no hay mayor problema, pues nada creo que deberíamso hacerla caso, ¿no?
Tanto los problemas originados por causas físicas, psicológicas, infeciosas, etc... puede ocasionar síntomas como los que cuentas.
Por todos los antecedentes que comentas de tensión en el trabajo, familiar, etc... yo casi me inclino por que este sea el origen de tus síntomas, pero claro, emitir por aquí un diagnóstico, como que no.
De todas formas, si te quieres quedar más tranquilo, pídele a tu doctora una analítica para descartar cualquier problema infecioso.