Días cotizados como autónomo para baja por IT

Hola,

Les comento mi caso, soy autónomo desde el 3 de Mayo de 2013 (día en que me di de alta en Hacienda), el 1 de Junio me di de alta en la SS y ese mes me pasaron doble recibo (El de Mayo y el de Junio). Ahora por enfermedad común voy a pedir la baja pero tengo la siguiente duda:

Los días de cotización se empiezan a contar desde el día 1 (ya que el autónomo se paga el 30 la misma cantidad)? Es decir, estoy cotizando desde el 1 de Mayo de 2013, desde el 3 de Mayo de 2013 o desde el 1 de Junio de 2013? Si fuese en Junio qué sentido tiene que haya pagado el autónomo ese mes?

Muchas gracias, quedo a esperas de su contestación,

Saludos