No lo había pensado porque dí por hecho que te ocurría el problema sólo en access 2007 tras la migración, pero creo que lo que me comentas ocurre también en access 2003 cuando las consultas extraen datos de campos de un formulario y de la tabla de la que éste depende.
Lo que escribes en un formulario, hasta que no pasas a un nuevo registro, no se graba en la tabla, y la consulta te sale vacía ya que no encuentra ningún registro con las mismas características. Puedes comprobar si éste es tu problema escribiendo en el formulario y dándole a la rueda del ratón una posición hacia delante para pasar a un nuevo registro y una hacia atrás para volver a lo que has escrito (o con las flechas del selector de registros si no las has quitado del formulario). Si al ejecutar la consulta en ese momento filtra bien, la solución es muy sencilla, añade a la macro "Ejecutar filtro" dos comandos al principio: 1) Ir a registro / siguiente (del formulario donde estés incluyendo los filtros) 2) Ir al registro / anterior. De esta forma el registro queda grabado en la tabla y cuando ejecutas la consulta (3º casilla de la macro) debe funcionar bien.
Si no es ese tu problema o no se resuelve te envío mi correo me puedes mandar en powerpoint 2 o 3 pantallazos de la estructura de las tablas y de los campos de la consulta para ver si lo podemos solucionar.