Los scripts los puedes tener donde quieras, cuando vas a cargar el script en la base de datos puedes pasarle la ruta completa.
Para ejecutarlos, lo más rápido es utilizar el cliente de línea de comandos que viene con el motor de base de datos, si usas Windows lo tienes dentro de la carpeta "bin", yo lo tengo en "
C:\mysql\mysql5.1.36\bin", en Linux lo tienes en el PATH con lo cual no hay problema.
Para usarlo, primero te conectas:
Mysql -u rootUna ver conectado con el comando "source" cargas cualquier fichero a ejecutar:
mysql> source D:\ruta\completa\al\fichero.sqlUn vez en la consola del cliente de mysql, puedes utilizar el comando "help" para ver todo lo que se puede hacer desde el cliente.
De todos modos, si vas a usar mysql, te recomiendo que utilices un gestor visual, yo uso mucho HeidiSQL (
http://www.heidisql.com), va perfecto.