Problemas con Bases MySQL

Tengo un portal hecho con Windows 2000 con Apache, php y MySQL y he decidido hacerlo de nuevo con el Linux antes de poner el portal a disposición del navegante.
El problema es que teniendo ya el apache el php y el Mysql funcionando he copiado las bases de datos que tenia en Windows al Linux y no funciona.
Cuando intento conectarme a la base de datos y luego a la tabla me dice que no existe, y con el phpMyAdmin solo me ve la base "test".
Si creo alguna base por el terminal haciendo "mysqladmin create pepe" por ejemplo veo que me crea el directorio de la base "pepe" pero luego cuando me conecto con el phpMyAdmin no la ve, solo ve la base "test".
Si copio alguna tabla que tenia en windows dentro de la base "test" en el Linux me la ve y me la abre sin problemas, pero quiero utilizar varias bases, así que este no seria una solución.
Muchas gracias para dedicarme vuestro tiempo.
Pau.