Problema al iniciar con mysql

Hola, Yo tenía instalado en el windows 2003 mysql funcionando correctamente. Por un fallo lo tuve que volver a instalar pero ahora mysql sólo me funciona correctamente si estoy conectado a internet, si no lo estoy aparece un error cuando intento abrir mysqladmin (se acaba abriendo pero no me graba el my.ini) Pruebo a borrarlo y volver a instalarlo pero no consigo nada. ¿Alguien me puede ayudar por favor?
Muchas gracias de antemano