Validación

Buena a partir del formulario donde te pedirá los datos de la asistencia, lo primero que tendrás que hacer es buscar en la tabla empleados donde ch_codigo_empleado=lo que hayas puesto en el formulario. Yo te recomiendo que ese campo en el formulario sea un combo donde despliegue todos los nombres des lo empleados, así aseguras que nunca se incluya un código erróneo. Así ya no tendrás que comprobar que ese código es correcto.
Para controlar que no se realice un doble ingreso, deberías añadir a la tabla asistencias un campo lógico (Verdadero/Falso) de tal forma que cuando registre la entrada lo marque y cuando se intente ingresar otra entrada de ese mismo empleado si el campo ese esta a Verdadero no te lo permita. De igual forma cuando se registre la salida pones el campo a Falso para que así al día siguiente puedas hacer una nueva entrada. Ademas deberes tener en cuenta la fecha de registro, si un empleado ya tiene dada la entrada (Y/o la salida) para ese día no te permita crearlas.
Para controlar las salidas sin ingreso con el campo lógico y la fecha que te he comentado antes lo solucionas igualmente.
Espero te hayas quedado con la idea, y perdona que no haya respondido antes, estaba de vacaciones (por fin!)