Antes de nada tienes que tener en cuenta que aunque puedas fijar las capas, ante distintas resoluciones siempre se verán más grandes o más pequeñas.
Entonces, si tu pones en la capa el position a absolute, la capa irá colocada en función a la esquina superior izquierda de la pantalla. Así, si tu capa es así:
<div style="position:absolute; top:100; left:100">Capa</div>
Esto te posicionará la capa a 100pixels de alto y 100 de ancho de la esquina. Esto se ve distinto en una resolución que en otra ya que 100 pixels a 800x600 es más distancia que a 1024x768.
Por esto, una solución es detectar la resolución del usuario y en función a esto poner unas propiedades a la capa o otras: algo así:
if (screen.width + "x" +screen.height == "640x480"){
Response.write("<div style='position:absolute; top:distanciaAlto; left:distanciaAncho'></div>")
}
if (screen.width + "x" + screen.height == "800x600"){
Response.write("<div style='position:absolute; top:distanciaAlto; left:distanciaAncho'></div>")
}
if(screen.width + "x" + screen.height == "1024x768"){
Response.write("<div style='position:absolute; top:distanciaAlto; left:distanciaAncho'></div>")
}
Dependiendo de la resolución deberás sustituir distanciaAlto y distanciaAcho por los valores que lleven tus capas. Igualmente podrás poner el heigth y el widht de tus capas en función a la resolución.