El método en teoría ideal es usar ojas de estilo.
Para ello hay que añadir el texto en una etiqueta del estilo de esta:
<div class="casiinvisible">Copia no Controlada</div>
Luego, deberás usar dos hojas de estilo, una de ellas para la impresión y otra para pantalla, de este modo:
<!-- Esta es para Impresión -->
<link href="impresion.css" rel="stylesheet" type="text/css" media="print">
<!-- Esta es para Pantalla -->
<link href="pantalla.css" rel="stylesheet" type="text/css" media="screen">
En las que podrías definir exactamente el estilo que quieres que muestre cada uno de los medios. Concretamente, para el caso que te interesa, podrías definir una regla para que ese texto no se viera en pantalla, añadiendo esto a la hoja correspondiente (pantalla.css en nuestro caso):
div.casiinvisible {display: none;}
Esto hará que ese texto no se muestre en pantalla.
Para más detalles en torno a CSS te recomiendo mi tutorial al respecto en www.psicobyte.com/html
Este método tiene un defecto: Navegadores antiguos no reconocen CSS (o parte de ella), por lo que sí mostrarán el texto "oculto" en pantalla.
Otros métodos más seguros, como crear copias para impresión o servirlas por medio de un programa especial, ya tienen más complejidad.