Páginas en sus carpetas

Hola que tal, he creado varias páginas web y las tengo guardadas en una misma carpeta(son muchos archivos entre imágenes y texto), es un desorden el terrible, lo que quiero es saber como ponerlas en diferentes carpetas según los temas que quiero sin que se dañen los enlaces, así que cuando yo lo tenga grabado todo en un cd, lo abra y vea el archivo index y las carpetas organizadas por temas, por favor ayúdenme, gracias por todo