En tu pregunta veo realmente dos, así que voy a intentar contestar ambas:
- Tienes una serie de scripts PHP que tienes que distribuir y no quieres que nadie vea el código.
- Tienes una serie de scripts PHP que te realizan una función (no necesariamente en un sitio web) y quieres que corran más rápido.
En ambos casos te contesto que eches un ojo a la página de la gente que creó el core de PHP4 (llamado zend). La página es
http://www.zend.com . Esta gente vende una versión de PHP4 que ejecuta scripts precompilados (y te permite crearlos claro está). Además tienen por ahí algo llamado Zend Optimizer que se supone que acelera la ejecución de los scripts, al estilo de los JIT en Java.