Problema con relacionar BD en PHP

Hola, buenas tardes a todos.
Vuelvo a consultar sobre las dudas que me aquejan.
Estoy haciendo un sistema de inventario y pedidos en php y como base de datos en mysql, tengo las tablas clientes, materiales, proveedores, empleados, usuarios, pedidos y no se si le hacen falta más, bueno mi problema como lo dice la pregunta es como hago para relacionarlas, que datos deben quedar en una base de datos por un tiempo y que otros se deben eliminar, yo he relacionado las tablas y como no se si se pueden agregar llaves foráneas, lo he hecho de esta forma: clientes con pedidos, proveedores con productos, empleados con usuarios, no se si esta muy bien no se si estaría bien relacionada y normalizada ademas no se si debiera agregarle una tabla donde se registren las transacciones por el valor de los productos cuando se hacen los pedidos.
Ahora mi pregunta bien especifica es como relacionar y normalizar y si pudiera agregarle otra tabla como quedarían las llaves foráneas y como las llaves primarias a la hora de eliminar insertar, modificar o actualizar. En que me afectaría.
Espero sus respuestas.
Gracias