A ver... podríamos partir con lo básico:
Si, phpMyAdmin es para gestionar la(s) base(s) de dato(s), pero a lo que voy es que las posibilidades de administración que te ofrece una base de datos es infinita. Te pongo un ejemplo; Puedes generar con php un archivo tipo CSS (hoja de estilo) en el que defines los estilos, fuentes, imágenes de fondo, colores de tablas, bordes, etc. Como todo esto es texto, lo puedes guardar en una base de datos y modificarlo según corresponda para luego generar el archivo css (o bien, volcar todo esto al mismo cuerpo de la página con un
<?
echo "$array[variable]";
?>
Lo que supone conocer algo de php básico).
Por lo otro acerca de los archivos PHP, me dices que quieres subir archivos al servidor... yo pregunto ¿no seria más fácil usar un FTP para subir los archivos (como el más común de los mortales)?. Buenos clientes ftp son el cuteFTP, el WS_FTP, entre otros y lo único que necesitas para utilizarlos es tu nombre de usuario y contraseña para el servidor.
Ahora, si la opción será siempre la de subir archivos PHP, puedes utilizar un formulario con el campo file <input type="file" ... >
Y procesarlo con la función "copy()" de php. En otro topic, respondí una pregunta similar. Dale un vistazo (recomendado el copypaste):
http://www.todoexpertos.com/categorias/tecnologia_e_internet/desarrollo_de_sitios_web/expertos/koperator/respuestas/847878/Para finalizar, el phpMyAdmin se configura en un archivo dentro de su directorio principal llamado "config.inc.php". Lo que debes configurar es la ruta absoluta del script (llamada $cfg[PmaAbsoluteUri]) ubicada la línea 36 (aprox.). Si está en blanco, ponle "localhost"; si tiene contenido, deja solo las comillas (esto último para ver si el script es capaz de determinar su propia ruta absoluta).
Eso sería. Cualquier duda... aquí mismo o en otro topic.