Existe una página que te permite mediante una serie de herramientas conseguir lo que tu buscas, su dirección es:
ANIMATED FACTORY->
http://www.animfactory.com/
Esta en ingles pero tu tranquilo que no tendrás mayores problemas para moverte por ella.
Una vez hayas entrado selecciona animation en el menu de arriba y luego dale a "Flags nations" en el nuevo menu a la izquierda. Una vez aquí veras algunas banderas ondeand: la de afghanistan, albania, etc. Están ordenadas alfabeticament y para verlas todas solo tienes que ir dando a los numeritos que hay inmediatament abajo.
Nota: Si la bandra que buscas es la de España dale al botón 29.
Pongamos de ejemplo que quieres la de españa, ¿ok? Pues si t fijas veras que debajo de la bandera hay una serie de opciones, pues nosotros vamos a seleccionar "Edit image". Desde aui ya podemos trabaja con nuestra imagen.
Para cambiar el color de fondo lo que haríamos seria:
1) Seleccionar Edit
2) Seleccionar Replace color
Ves que t a salido un cuadro con todos los colores, pues ahora selecciona el que necesits y MUY IMPORTANTE!: Cliquea en la parte de la imagen que esta con fondo blanco, para que se sustituya por el nuevo color. Una vez echo esto t saldrá la nueva imagen con el color de fondo deseado.
Lo único que nos queda hacer es pulsar sobre la nueva imagen con el botón derecho dl ratón y selecciona guardar como.
Espro q esto t sirva, aunq si t surg cualquier problema, duda o no t gusta el resultado m escribs y t ayudo.
Esto q quieres tambien se podria conseguir con el Adobe photoshop aunq claro tndrias q tenerlo y no es tan rapido.
Bueno chico, mucha suerte con tu gif