No queda bien la extrusión

No dices de que programa se trata, pero da casi igual en el que sea.
Fíjate de no tener abierta la poligonal que genera la extrucción.
Lo otro pudiera ser cruces de la poligonal, esto es como si una línea de la poligonal se superpusiera sobre otra "cruzándola"
Fíjate en eso, que de seguro es de lo que se trata.

El programa que estoy ocupando es autocad 3d, todas mis polilíneas están cerradas pero sigue pasando lo mismo, ahora no entendí bien lo de las lineas que se cruzan, ¿cómo lo checo y como lo evito? Gracias

Que se cruzan en un punto, aunque no lo veas.
Imaginate un 8 o símbolo infinito, ese sería un ejemplo muy torpe pero para que se entienda, de algo cerrado, pero que se cruza.
Es muy importante ser cuidadoso a la hora de hacer la polilínea, porque es a veces más difícil arreglarla, que hacerla de nuevo, toda vez que no ves, donde está el cruce.
De todas maneras, si insistes en arreglarla, puedes seleccionar la línea y desde el panel propiedades de AutoCAD, buscar el apartado vértices.
Verás un 1 y a la derecha un par de botones para subir o bajar este valor, luego en la polilínea verás aparecer una POR, indicándote la ubicación del vértice del numero indicado.
Ve pulsando alguno de los dos botones y verás saltar el vértice o POR de uno en uno mientras cambia el número en el panel.
En algún momento y en algún vértice esta POR tiene que hacer algo irregular, como no saltar o volver sobre sus pasos.
Vigila esto, pero como te digo, tal vez lo que te convenga es volver a redibujar la polilínea con un mayor cuidado.