Pagemaker

Lo que tienes sobre todo es un problema de imposición.
Cuando tu usas un programa de maquetación ya sea quark o pagemaker, la paginación se ve prácticamente como va a quedar impreso, pero después no es así. Normalmente en las imprentas usan un programa de imposición con el cual ordenan las páginas para que los fotolitos correspondan con tu maqueta, pero realmente si quieres hacerlo tu mismo desde casa y en una impresora doméstica te va a costar hacer los cálculos para que te coincidan las páginas.
Te recomiendo lo imprimas hoja por hoja tendien mucho cuidado y haciendo bien la doble cara, prestando atención a cosas como que después de la portada hay que imprimir el interior de la portada... las páginas impares van a la derecha y las pares a la izquierda. Es un trabajo bastante artesanal.
El problema quizás viene dado en un error en el planteamiento del trabajo, ya que si lo vas a imprimir en una impresora doméstica lo mejor habría sido plantear el trabajo a una sola cara.