Gravar dos cosas en frecuencias diferentes a la ve

Si te he entendido bien lo que quieres es crear mensajes subliminales sobre un fondo musical y que estos se escuchen inconscientemente, pues bien, no es posible, ya que lo que pretendes es un fenómeno similar al de la persistencia retiniana en el cine, pero en el sonido, el problema es que el oído escucha cada milésima de segundo, lo que hay son frecuencias que no son audibles por bajas o excesivamente altas.
Además lo que pretendes no es posible, ya que un mensaje debe estar en frecuencias audibles para ser comprensible, y si por ejemplo se trata de voz humana diciendo dicho mensaje, lo hará en frecuencias audibles, en más de una freecuencia, ya que lo hará en muchas frecuencias y sus armónicas correspondientes las cuales dan el tono característico y peculiar a cada sonido.
Pero no te desanimes, lo que quieres se puede hacer, pero no como tu pretendes, sino de otro modo, "enmascarando" el sonido que quieres (ese mensaje) con sonidos de mayor nivel y muchas frecuencias (ruido rosa o blanco) a mayor nivel que el mensaje, estará por tanto el mensaje, pero no será audible directamente por el fenómeno acústico del enmascaramiento, si el subconsciente lo oye o no, eso ya no te lo puedo decir.
Otra forma más curiosa y probablemente más eficaz es que dicho mensaje lo reproduzcas en un Sistema Stereo en desfase (de 180º) por ambos canales, así se estará reproduciendo, pero se estará anulando a si mismo y por tanto no será audible, pero se estará reproduciendo por ambos altavoces o cascos.
Esto es todo, te aseguro que no existe otra forma de hacer lo que pretendes.