Un pc para funcionar correctamente sólo necesita que la fuente de ventilación disipe su propio calor, el microprocesador con su ventilador y la gráfica con su ventilador. Ahora bien para tener un equipo bien ventilado lo que se necesita es crear un flujo de aire dentro de la caja que permita la circulación del aire y que se pueda extraer el aire caliente de la misma.
Yo lo que haría sería dependiendo de la caja que tengas, buscar un ventilador de 20x20 para colocarlo en la parte inferior de la fuente de alimentación para la extracción del aire, para lo cual, deberás de colocarlo en la posición que el aire que tire al moverse salga hacia fuera de la caja por los agujeritos que disponen.
En cuanto al ruido, si no quieres ruido alguno, los más silenciosos son los NOCTUA, pero son extremadamente caros.
Lo principal sería agrupar los cables con bridas o como fuera posible para favorecer el paso del aire en el interior de la caja.
Otra opción que le puedes poner es una refrigeración líquida, bastante más costosa pero mucho más efectiva en cuanto a disipación de calor y ruidos. Incluso en esto existen unas refrigeraciones líquidas sin mantenimiento para los microprocesadores, por unos 50€, que funcionan de maravilla y el ruido es inexistente, yo actualmente dispongo de esta clase de refrigeración puesta en mi microprocesador y estoy más que contento porque lo que buscaba era el mínimo ruido y sobretodo el no tener que preocuparme por poner líquido refrigerante.